Uarini tem sua história vinculada a de Tefé, que remonta à aldeia fundada no fim do séc. XVII pelo jesuíta Samuel Fritz. Até fins do séc. XVIII sucederam-se as disputas entre espanhóis e portugueses pelo domínio do território, só se consolidando a ocupação militar lusitana em 1790.

Como município, Tefé chegou a possuir área de 500.000 km2. A partir de meados do séc. XIX, vão-se sucedendo desmembramentos de seu território, para dar origem aos novos municípios de São Paulo de Olivença, Coari, Fonte Boa, São Felipe (atual Eirunepé), Xibauá (atual Carauari), Japurá e Maraã.

Em fins de 1981, Tefé apresentava uma estrutura administrativa em que estavam previstos 5 subdistritos: Tefé, Caiambé, Alvarães, Jarauá, Uarini. Pelos novos desmembramentos determinados pela Emenda Constitucional no. 12 de 10.12.1981, o subdistrito de Uarini passou a constituir município autônomo.